ОшМУда илимий-изилдөө иштери жана илимий багыттагы уюштуруу иш-аракеттери төмөнкү формаларда жүргүзүлөт:
1.кафедраларда тиешелүү илимий багыттар боюнча илимий-изилдөө иштерин жүргүзүү;
2.ОшМУнун докторанттары, аспиранттары, изденүүчүлөрү жана магистранттары тарабынан илимий-изилдөө иштерин аткаруу;
3.Кыргыз Республикасынын Билим берүү жана илим министрлиги тарабынан каржыланган илимий-изилдөө иштерин аткаруу;
4.студенттердин илимий-изилдөө иштерине катышуусу;
5.ОшМУнун окумуштууларынын эл аралык программаларга, долбоорлорго катышуусу;
6.окуу китептерин, колдонмолорду, илимий багыттагы эмгектерди жарыкка чыгаруу;
7.илимий-педагогикалык кадрларды даярдоо;
8.аспирантура, докторантура, атайын адистештирилген кеңештердин иш алып баруусу;
9.илимий багыттагы иш-чараларды уюштуруу.
Ош МУдагы приоритеттүү илимий багыттар
фундаменталдык багытта:
• педагогика-психологиялык;
• филологиялык;
• табигый, так илимдер;
• социалдык-экономикалык;
• коомдук-гуманитардык;
• инженердик-техникалык;
• медициналык.
прикладдык багытта:
• биотехнологиялык;
• нанотехнологиялык;
• альтернативдүү энергиялык;
• экологиялык;
• биокөптүрдүүлүк жана туруктуу өнүгүү;
• жаратылыш ресурстарын комплекстүү пайдалануучулук.