Учебный процесс студентов медицинского факультета очень сложен,из за расположения учебных и практикующих корпусов на разной территории города. Реформа медицинского образования в Кыргызстане подразумевала наличие клинической базы при медицинском факультете. Ректор Исаков начал организовывать строительство медицинской клиники в кампусе Ак-Буура. И наконец медицинская клиника ОшГУ открылась 24 ноября 2014года по инициативе ректора Исакова Каныбека Абдиваситовича.

За сторительство и за открытие медицинской клиники большой вклад внес профессор Муратов Жанибек Кудайбакович. В декабре 2015 года он был временно передан в частную собственность до марта 2020 года Муратову Абдисамату Кудайбаковичу.Волна пандемии короновируса не обошла нас стороной. Видя столько жертв, и больных ОшГУ не могла стоять в стороне. В городе не хватало койки мест для больных, в связи с этим с марта месяца 2020года решено было отдать клинику на красную зону для короновирусных больных.В конце августа месяца ситуация в стране стабилизировалась, медицинская клиника была возвращена университету прослужив огромную службу для города и людей.С сентября 2020года было принято решение возобновить работу клиники и был начат ремонт во главе ректора и директора медицинский клиники Медицинская клиника строит все больше планов на развитие и новейшие аппаратуры и техники были приобретены и готовы к использованию во благо всех сотрудников и студентов университета

Миссия клиники- это внедрение методов лечения и диагностики заболеваний для продления и улучшения качества жизни пациентов на принципах доказательности. Оказание пациентам комплексной высокотехнологичной медицинской помощи пациенту и членов его семьи в принятии решений, касающихся здоровья и благополучия.

Цель клиники: -оказания медицинских услуг населению, включая первично медико-санитарную,поллиативную, специализированную, в том числе высокотехнологичных услуг населению юга КР. - создание условий для организации и проведения образовательного процесса по подготовке, переподготовке и повышению квалификации медицинских и фармацевтических кадров с учетом современных требований. -обеспечение условий для проведения научно-исследовательской деятельности, разработок и внедрения новых высокоэффективных медицинских технологий. - формирование и поддержание тесных рабочих отношений в коллективе клиники, с партнёрами и другими общественными учреждениями.