В 1993 году в медицинском факультете организована кафедра «Клинических дисциплин», а в 1996 году организована кафедра «Хирургических болезней», данная кафедра в 2007 году переименована на кафедру «Общей хирургии».
      Кафедра «Общей хирургии» является структурным подразделением медицинского факультета ОшГУ и занимается обучением студентов к этиологию, патогенезу, клинику, диагностику и лечению хирургических больных. А также проводить учебно – методическую, научно- исследовательскую и учебно-воспитательную работу. С 1993 по 2007 годы данную кафедру возглавлял кандидат медицинских наук, доцент Анаркулов Сайдулла Файзуллаевич. В то время Анаркулов С.Ф. работал главным хирургом Ошской области и внес огромный вклад в становлении и развитии кафедры и медицинского факультета. На кафедру приглашены видные практические и научные работники Ошской городской больницы, это главный хирург города Ош, заведующий хирургическим отделением №1 Ошской городской больницы, кандидат медицинских наук Мирзараимов Торохан Осмонович, заведующий №2 хирургическим отделением, кандидат медицинских наук Бугубаев Абдимиталип Бугубаевич. Научная работа Анаркулова С.Ф. посвящена к профилактике эндемического зоба на Юге Республики, а научная работа Мирзараимова Т.О.посвящена профилактике и лечение гнойной инфекции в хирургии, Бугубаев А.Б. разработал методов хирургического лечения острого холецистита.
С 2007 года кафедру возглавляет кандидат медицинских наук, доцент Райымбеков О.Р. Он является вице-президентом ассоциации «Колопроктологов» Кыргызской Республики. На кафедре «Общей хирургии» обучаются студенты лечебного, педиатрического, стоматологического отделения медицинского факультета, по следующим дисциплинам: Уход за хирургическими больными, общая хирургия, хирургические болезни.
Профессорско-преподавательский состав кафедры состоит из 11 отрудников, из них 3 кандидата наук и доцентов, 2 старщих преподователей.
Кафедра ведет научно – исследовательские работу по следующим направлениям, «Оптимизация диагностики и хирургического лечения сочетанных заболеваний аноректальной области» госрегистрациия № 0005856 ( начало 2009год конец 2014год), и «Анализ причин и сравнительная оценка вынужденных и плановых ре и релапаротомий». Сотрудниками кафедры получены удостоверения БРИЗ КГМА на 9 рационализаторские предложения, которые в основном по методике проведения хирургических операций и они внедрены в практику ряд медицинских учреждений Республики. Выпушены 22 методических рекомендаций и 205 научных статьей.
Кафедра ведет совместную научно – исследовательскую и научно-методическую работу Национальным хирургическим центром МЗКР, кафедрой «Пропедевтической хирургии» КГМА, Российской Ярославской Медицинской Академией. В честь 60-летнего юбилея ОшГУ в 2011 году 16-17 –сентября кафедра совместно кафедрой «Пропедевтической Хирургии» КГМА проведении Республиканская научно-практическая конференция по теме «Экстренные проблемы колопроктологии».
За время организации кафедры, сотрудниками защищены следующие кандидатские диссертации:
1. 2001 год Райымбеков О.Р. тема: «Острый парапроктит: дифференциальная диагностика и хирургическое лечение».
2. 2005 год Туйбаев З.А. тема: «Танатогенез и танатотерапия пострадавщих со «смертью мозга»;
3. 2008 год Беков Т.А. тема: «Возрастные особенности роста слоев стенки желудка от рождения до 21 год»;
4. 2011 год Ыдырысов И.Т. тема: «Анализ причин и сравнительная оценка результатов вынужденной и спланированной ре и релапаротомий».