Кафедра организована 1.09.99 году приказом ректора ОшГУ, на базе кафедры детских болезней Медицинского факультета под названием кафедра «Педиатрии №2». С 01.09.1999 года по 01.09.2000 года кафедру возглавлял д.м.н., профессор Кенжебек Кожоназарович Кожоназаров. По решению Ученого Совета Ошского Государственного Университета, приказом №1 от 06.10.2006 года кафедра переименована на кафедру «Детские болезни». С 01.09.2000 года кафедрой заведует к.м.н.,доцент Нуруева Замира Аттокуровна.

Кафедра Детские болезни является кафедрой с высоким научным потенциалом. Качественный показатель остепененности профессорско-преподавательского состава составляет 52%. На кафедре успешно работают 17 преподавателей, которые обучают студентов с 3 по 6 курсы по 7 дисциплинам. Качественный состав кафедры представлен 1 д.м.н.,1 профессор, 4 к.м.н., 3 доцент, 5 старших преподавателей, 7 ассистентов, 1 методист.

Научная тема кафедры:

- «Изучение особенностей заболевания Ж.К.Т. у детей приводящие к дефицитным состояниям (врождённые аномалии, нарушения биоценоза кишечника, аллергические состояния и анемии) на юге республики. Кафедра выпускает врачей по специальностям врач-лечебник, врач-педиатр. Преподаватели совместно выпустили 193 научных статей, 31 методических и учебных пособий, 5 рационализаторских предложений. Работает научный кружок под руководством преподавателей, студенты выступают с докладами на научных конференциях.